Struktur dan Dinamika Hidrasi Ion Zn2+ dan Cd2+ Berdasarkan Simulasi Dinamika Molekul Mekanika Molekul (DM MM)

Authors

  • Crys Fajar Partana Program Studi Kimia, Jurusan Pendidikan Kimia, Fakultas Matematika dan Ilmu Pengetahuan Alam, Universitas Negeri Yogyakarta
  • Suwardi Suwardi Program Studi Kimia, Jurusan Pendidikan Kimia, Fakultas Matematika dan Ilmu Pengetahuan Alam, Universitas Negeri Yogyakarta
  • Agus Salim Program Studi Kimia, Jurusan Pendidikan Kimia, Fakultas Matematika dan Ilmu Pengetahuan Alam, Universitas Negeri Yogyakarta

DOI:

https://doi.org/10.21831/jsd.v8i2.38695

Keywords:

Solvasi, potensial badan tiga, hidrasi, simulasi DM MM

Abstract

Tubuh manusia sebagian besar (lebih dari 80%) terdiri atas zat cair, sehingga proses metabolisme dalam tubuh manusia melibatkan interaksi antara zat pelaru (solvent) dan zat terlarut (solute) baik dalam bentuk ion maupun senyawanya. Interaksi antara zat pelarut dengan zat terlarut dikenal dengan istilah solvasi, sedangkan interaksi zat terlarut dengan air dikenal dengan nama hidrasiSolvasi Zn dan Cd diamati dengan melakukan simulasi dinamika molekul mekanika molekul (DM MM). Himpunan basis yang digunakan adalah lanl2dz untuik atom Zn dan Cd, sedangkan untuk molekul air digunakan yang himpunan basis DZP Dunning. Simulasi dilakukan berdasarkan potensial pasangan dan potensial badan tiga. Masing masing simulasi Zn dan Cd dilakukan dengan cara mencampurkan 1 atom Cd dan Zn dengan 499 molekul H2O. Hasil simulasi berupa data trajectory diolah lebih lanjut untuk mengetahui struktur dan dinamika hidrasinya. Hasil analisis RDF menunjukan bahwa jarak atom Zn dan atom O (air) rata-rata adalah 2,18 A, sedangkan jarak rata-rata atom Cd dengan O sebesar 2,27 A. Berdasarkan analisis CND distribusi bilangan koordinasi ditemukan bahwa bilangan koordinasi solvasi Cd dan Zn dalam air sama yaitu 6, membentuk strukur molekul oktahedral. Waktu tinggal ligan (air) di sekitar ion berdasarkan analisis dinamika molekul memperlihatkan bahwa solvasi Zn dengan air lebih labil dibanding dengan solvasi ion Cd2+.

References

Armunanto, R., Schwenk, C.F., Bambang Setiaji, A.H., and Role, B.M., (2003). Classical and QM/MM Molecular Dynamics Simulations of Co2+ in water, J.Chem. Phys. 295, 63-73.

Armunanto, R., Schwenk, C.F., Randolf, B.R., Rode, B.M., (2004). Ab initio QM/MM Molecular Dynamics Simulation of Co2+ in Liquid Ammonia, J.Chem. Phys. 305, 135.

Hirata, F. (2003). Molecular Theory of Solvation, Kluwer Academic Publisher. New York.

Rudoplh W,W. and Cory C. Pye. (2000) Raman spectroscopic Measurement of Scandium (III) Hydration in Aqueous Perchlorate Solution and Ab Initio Molecular Orbital Studies of Scrandium (III) Water Cluster: Does Sc(III) Occur as a Hexaaqua Complex, J. Phys. Chem. A, 104 (8), 1627-1639.

Crys Fajar Partana. (2015). Perbandingan Sifat Struktur dan Dinamika Ion Sc+(1D) Singlet Dengan Sc+(3D) Triplet Dalam Air, Amoniak Cair, dan Campuran Amoniak-Air Menggunakan Simulasi Dinamika Molekuler Ab Initio Mekanika Kuantum/ MekanikaMolekuler, desertasi FMIPA UGM, Yogyakarta.

Cotruvo, J. Dr., et al. (2011). Cadmium in Dringking-water. World Health Organization/ SDE/WSH/03/04/80/Rev/1

http://id.wikipedia.org/wiki/seng. (download. 2-06-2016 11.20 PM).

Darmono. (2004). Toksikologi Logam Berat. Artikel. Suara Merdeka. 14 Mei 2016.

Whitten K.W. (2003). General Chemistry 7th ed. Brooks Cole, UK.

Downloads

Published

2019-10-15

How to Cite

[1]
Fajar Partana, C. et al. 2019. Struktur dan Dinamika Hidrasi Ion Zn2+ dan Cd2+ Berdasarkan Simulasi Dinamika Molekul Mekanika Molekul (DM MM). Jurnal Sains Dasar. 8, 2 (Oct. 2019), 56–63. DOI:https://doi.org/10.21831/jsd.v8i2.38695.