Penelitian ini bertujuan untuk menemukan pendidikan humanis religius berbasis kultur di Madrasah Aliyah Negeri 2 Pekalongan. Pendekatan penelitian yang digunakan dalam penelitian ini adalah pendekatan kualitatif. Sampel sumber data diperoleh dengan purposive sampling. Pengumpulan data dengan teknik pengamatan, wawancara mendalam (in-depth interview), catatan lapangan, dan penggunaan studi dokumen; sedangkan uji keabsahan data dengan metode triangulasi. Analisis data bersifat induktif/kualitatif dengan metode Miles and Huberman. Hasil penelitian adalah sebagai berikut: (1) Perilaku siswa sebelum dilakukan perbaikan kultur madrasah adalah: (a) aktualisasi nilai humanis religius para siswa di Madrasah Aliyah Negeri 2 Pekalongan kurang sempurna, (b) Pendidikan yang memberikan kebebasan siswa dalam beraktualisasi diri, sikap peserta didik menjadi lebih “terbuka” dan dekat dengan pendidik, kreatif serta berprestasi dalam bidang yang ditekuni; (2) Karakteristik nilai religius siswa tidak utuh; (3) Pendidikan nilai humanis religius berbasis kultur madarasah ini dilakukan dengan beberapa tahap: (a) menggambarkan kultur madrasah, yang meliputi material culture dan behavioral culture, yang pada akhirnya ditemukan kultur positif dan negatif; (b) menentukan visi dan misi madrasah, (c) pendidikan nilai humanis religius dirancang dan dilaksanakan melalui saluran kultur madrasah.