Jasa ekosistem mangrove terbagi menjadi jasa penyedia, jasa pendukung, jasa kebudayaan, dan jasa pengaturan yang bermanfaat bagi manusia dan lingkungan. Jasa pengaturan ekosistem mangrove berfungsi sebagai perlindungan terhadap ancaman bahaya pesisir, seperti gelombang pasang, angin badai, dan erosi. Penelitian ini bertujuan untuk mengkaji valuasi ekonomi jasa pengaturan ekosistem mengarove di wilayah pesisir Kota Pekalongan. Metode yang digunakan adalah survei lapangan untuk mengumpulkan data kondisi eksisting ekosistem mengrove dan wawancara mendalam untuk memperoleh informasi nilai pengganti dari jasa pengaturan ekosistem mangrove. Data yang diperoleh dianalisis secara spasial dan deskriptif. Valuasi ekonomi jasa ekosistem dihitung menggunakan metode pengganti. Hasil penelitian menunjukkan bahwa ekosistem mangrove memiliki jasa pengaturan yang berfungsi melindungi permukiman dan perikanan tambak dari ancaman banjir genangan. Penilaian jasa ekosistem mangrove di wilayah pesisir Kota Pekalongan menunjukkan nilai kehilangan sejumlah 13.664,7 milyar rupiah untuk penggunaan lahan berupa permukiman, sedangkan untuk perikanan tambak sebesar 24.096,275 milyar rupiah.